隨著時間的推移，表觀遺傳學的研究工具已經(jīng)從PCR到qPCR，并演變出在全基因組范圍內(nèi)進行研究和分析的染色質(zhì)免疫沉淀技術(shù)，也就是目前火熱的ChIP技術(shù)。

染色質(zhì)免疫共沉淀技術(shù)（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）也稱結(jié)合位點分析法，是研究體內(nèi)蛋白質(zhì)與DNA相互作用的有力工具，通常用于轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點或組蛋白特異性修飾位點的研究。

將CHIP與第二代測序技術(shù)相結(jié)合的ChIP-Seq技術(shù)，能夠高效地在全基因組范圍內(nèi)檢測與組蛋白、轉(zhuǎn)錄因子等互作的DNA區(qū)段。首先通過染色質(zhì)免疫共沉淀技術(shù)（ChIP）特異性地富集目的蛋白結(jié)合的DNA片段，并對其進行純化與文庫構(gòu)建；然后對富集得到的DNA片段進行高通量測序。研究人員通過將獲得的數(shù)百萬條序列標簽精確定位到基因組上，從而獲得全基因組范圍內(nèi)與組蛋白、轉(zhuǎn)錄因子等互作的DNA區(qū)段信息。

ChIP抗體的選擇在實驗中是最重要的一個環(huán)節(jié)，它影響著ChIP實驗的成敗與否。那么ChIP-seq抗體需要如何選擇呢？

無論是單克隆還是多克隆抗體都可用于ChIP實驗。單克隆抗體識別靶蛋白上的單一表位，它們具有很高的特異性結(jié)合，低非特異性結(jié)合和低背景信號等特點。其次，由于克隆性質(zhì)的低變異性，單克隆抗體具有更高的批次間穩(wěn)定性。

但是，如果存在其它與染色質(zhì)結(jié)合的蛋白，可能導致單克隆識別的表位不可接近；或由于需要識別的表位在交聯(lián)過程中被掩蔽，單克隆抗體不能有效地與蛋白結(jié)合。幸運的是掩蔽的情況并不常見，因此，單克隆抗體不僅適用于ChIP實驗，而且通常具有較好的實驗結(jié)果。

與單克隆抗體相比，多克隆抗體能識別靶蛋白上的多個表位，即使存在少數(shù)表位掩蔽的情況，也不會影響抗體有效地檢測到靶標，實驗成功率更高。也正是由于多克隆抗體可以識別多個表位，從而會增加抗體發(fā)生非特異性結(jié)合的概率。

ChIP級別的抗體對抗體純度、特異性結(jié)合的要求都比較高，是完成ChIP實驗的首選抗體。如果沒有找到目的基因的ChIP-seq級別的抗體，通過ChIP和IP驗證的抗體也可以使用，但是盡量不要使用沒有標注ChIP應用的抗體，或者標注未檢測的抗體，否則通常是浪費時間。

為了節(jié)省篩選候選抗體的時間，我們可以考慮抗體來自其他免疫實驗檢測的數(shù)據(jù)，它們作為抗體在ChIP中工作良好的可能性的指標。蛋白印跡和免疫沉淀測定可以驗證抗體是否能識別正確的靶標；免疫熒光分析可以確定抗體是否識別其天然狀態(tài)的靶標，這些數(shù)據(jù)對于檢測抗體是否適合ChIP實驗非常重要。

經(jīng)過免疫沉淀、免疫熒光或免疫組織化學中驗證的抗體，比僅通過Western blot驗證的抗體更有可能產(chǎn)生陽性的ChIP實驗結(jié)果。當然，這些應用中的性能并不能保證ChIP的成功，因為成功的ChIP抗體必須識別可接近的抗原表位，這些表位不應該受ChIP交聯(lián)方法的影響。

因此，想知道一支抗體的ChIP數(shù)據(jù)是否可用，可考慮如下相關(guān)問題：

• 得到該數(shù)據(jù)使用的抗體是否與你購買的產(chǎn)品相同？
• 有沒有人使用這種抗體進行ChIP實驗？
• 有沒有已知的用于驗證陰性IgG對照和陽性對照引物組？

選擇ChIP抗體和進行ChIP實驗之前，對抗體的特異性評估很重要。尤其是組蛋白相關(guān)抗體的選擇更是如此。

同時，很多期刊雜志也逐漸將組蛋白抗體特異性表現(xiàn)作為文章發(fā)表的條件，因此，進行抗體篩選測定以檢測抗體質(zhì)量和結(jié)合能力是非常重要的。

ChIP抗體選擇的關(guān)鍵是：

• 單克隆抗體和多克隆抗體都可以應用于ChIP實驗；
• 理想的ChIP抗體是經(jīng)過ChIP驗證；
• 通過免疫實驗（IP/IHC）驗證的抗體比Western Blot驗證的抗體更適合用于ChIP實驗；
• 進行獨立的特異性篩選。

Premium抗體通過了最嚴格的QC測試 （包括生物信息學，并與Broad Institute的Encode參考數(shù)據(jù)集進行了比較）。Diagenode的合作伙伴認為，這些抗體可能是最好的，具有最高性能的抗體，它們很可能會成為下一個國際標準。

Diagenode的研發(fā)工作符合國際人類表觀基因組協(xié)會（IHEC）的總體目標。IHEC聯(lián)合會給出的建議指南在任何表觀基因組項目中繪制以下6個組蛋白修飾圖：H3K4me3，H3K9me3，H3K27me3，H3K27ac，H3K4me1和H3K36me3。H3K4me3和H3K9Ac這兩種組蛋白修飾通常富集在激活的啟動子區(qū)域上；H3K4me1和H3K27Ac這兩種組蛋白修飾通常富集在基因的增強子區(qū)域；H3K36me3和 H3K79me2這兩種組蛋白修飾通常富集在RNA聚合酶延伸區(qū)域 ；H3K27me3和H3K9me3這兩種組蛋白修飾用于抑制基因表達。

鑒于對高品質(zhì)抗體的要求，ChIP-seq級抗體需要建立最嚴格的QC程序。Diagenode的Premium抗體已通過眾多合作和IHEC表觀遺傳學專家社區(qū)開展的廣泛工作達到了最高驗證水平。現(xiàn)有抗體均經(jīng)過ChIP-seq驗證，對于幾乎所有表觀遺傳應用均顯示出卓越的性能。

Diagenode廠家對ChIP-seq級別抗體進行嚴格驗證，并遵循IHEC給出的建議指南對ChIP抗體進行檢測，為您提供可以信任的抗體，如圖。

Diagenode，將生產(chǎn)最高質(zhì)量標準的CHIP抗體作為公司經(jīng)營理念的一部分，并努力不斷改進抗體的質(zhì)控流程，使用高度標準化的ChIP-seq抗體檢測流程，對Diagenode Premium抗體進行全面的驗證。